В 1893 году он активно принимает участие в работе политических, экономических, литературных и других кружков, участвует в студенческих «беспорядках». Судя по архивным документам, в эти годы деятельность Букейханова впервые привлекает внимание Департамента царской полиции, его имя попадает в черный список «политически неблагонадежных». В это период особенно ярко проявляется его талант как общественного, политического деятеля, выдвигая его в качестве подлинного лидера национального движения всего Степного края.

Оживление политической жизни в Казахстане, начавшееся в 1905 году, связано было с первой революцией в России. Возрождающееся самосознание казахского народа, его стремление вырваться из рамок колонии Российской империи выражалось тогда в петиционных акциях, в которых высказывались основные политические и социально-экономические требования казахов. Наиболее известная была петиция 1905 года, подписанная на Кояндинской ярмарке 14,5 тыс. жителями Каркаралинского уезда Семипалатинской области. Ее составили Алихан Букейханов, Ахмет Байтурсынов, Жакып Акбаев, Миржакып Дулатов, Мухаммед-Максут Бекметов. Основные требования сводились к признанию за казахами права собственности на землю, где они проживали; обязательному введению в школах, наряду с русским, обучение на казахском языке; исполнению мусульманских обрядов согласно мусульманской вере; введению судопроизводства на казахском языке и другие.

Участвовал в различных собраниях с целью организации казахского отделения партии кадетов. После февральской революции, Букейханов принял активное участие в национально-освободительной борьбе казахского народа. После двух всеказахстанских съездов, прошедших в июле и декабре 1917 года, удалось создать партию  «Алаш» и правительство Алашорды, Букейханов избирается ее председателем.  Название партии было предложено делегатом Уральской области юристом Жаншой Досмухамедовым и всеми поддержано. Газета «Казах» стала печатным органом партии. Это было поистине историческое событие, поскольку впервые стало реальностью создание единого Казахского государства.

В годы гражданской войны Букейханов делал все возможное, чтобы оградить свой народ от этой братоубийственной бойни. С приходом Советской власти ему препятствуют в политической деятельности и отзывают на постоянное место жительства в Москву, где Букейханов провел последние 15 лет жизни. В этот период он продолжает заниматься литературой и научно-исследовательской деятельностью. Тщательно собрав образцы устного творчества, фольклорного наследия, пишет труды по истории, этнографии, литературе.

Через 56 лет Алихан Букейханов был реабилитирован. 14 мая 1989 года постановлением Верховного суда СССР Алихан Букейханов был оправдан связи с отсутствием состава преступления.