В 1893 году он активно принимает участие в работе политических, экономических, литературных и других кружков, участвует в студенческих «беспорядках». Судя по архивным документам, в эти годы деятельность Букейханова впервые привлекает внимание Департамента царской полиции, его имя попадает в черный список «политически неблагонадежных». В это период особенно ярко проявляется его талант как общественного, политического деятеля, выдвигая его в качестве подлинного лидера национального движения всего Степного края.
Оживление политической жизни в Казахстане, начавшееся в 1905 году, связано было с первой революцией в России. Возрождающееся самосознание казахского народа, его стремление вырваться из рамок колонии Российской империи выражалось тогда в петиционных акциях, в которых высказывались основные политические и социально-экономические требования казахов. Наиболее известная была петиция 1905 года, подписанная на Кояндинской ярмарке 14,5 тыс. жителями Каркаралинского уезда Семипалатинской области. Ее составили Алихан Букейханов, Ахмет Байтурсынов, Жакып Акбаев, Миржакып Дулатов, Мухаммед-Максут Бекметов. Основные требования сводились к признанию за казахами права собственности на землю, где они проживали; обязательному введению в школах, наряду с русским, обучение на казахском языке; исполнению мусульманских обрядов согласно мусульманской вере; введению судопроизводства на казахском языке и другие.
Алихан Букейханов принимает активное участие в ряде общественных организаций. К примеру, он состоял действительным членом Семипалатинского подотдела Западно-Сибирского отдела Русского географического общества и Семипалатинского статистического комитета.
В 1905 году Букейханов был избран депутатом в I Государственную думу (Российская империя) по Семипалатинскому округу, участвовал в составлении документа, названного Выборгским манифестом, осуждающим роспуск царской Думы. Именно с этого документа начинается активная политическая деятельность Алихана Букейханова. В российских газетах появляются его статьи с критикой колониальной политики царского самодержавия и деятельности местных чиновных правителей в крае. Для пробуждения национального самосознания казахов и организации их просветительской деятельности стало издание газеты «Казах», первой в истории казахов поистине общенационального периодического издания. Активное участие в создании газеты приняли руководители казахского национального движения Алихан Букейханов, Ахмет Байтурсынов и Миржакып Дулатов. Букейханов пишет свои статьи под псевдонимом «сын степей».
Участвовал в различных собраниях с целью организации казахского отделения партии кадетов. После февральской революции, Букейханов принял активное участие в национально-освободительной борьбе казахского народа. После двух всеказахстанских съездов, прошедших в июле и декабре 1917 года, удалось создать партию «Алаш» и правительство Алашорды, Букейханов избирается ее председателем. Название партии было предложено делегатом Уральской области юристом Жаншой Досмухамедовым и всеми поддержано. Газета «Казах» стала печатным органом партии. Это было поистине историческое событие, поскольку впервые стало реальностью создание единого Казахского государства.
В годы гражданской войны Букейханов делал все возможное, чтобы оградить свой народ от этой братоубийственной бойни. С приходом Советской власти ему препятствуют в политической деятельности и отзывают на постоянное место жительства в Москву, где Букейханов провел последние 15 лет жизни. В этот период он продолжает заниматься литературой и научно-исследовательской деятельностью. Тщательно собрав образцы устного творчества, фольклорного наследия, пишет труды по истории, этнографии, литературе.
В 20-х годах дважды арестовывался. В 1937 году вновь арестовывают Алихана Букейханова и заключают в Бутырскую тюрьму. Ему было предъявлено обвинение «…возглавлял контрреволюционную борьбу против Советской власти, установил связи с руководителями террористического центра в Казахстане и Москве». 27 сентября 1937 года он был приговорен к высшей мере наказания. Приговор был приведен в исполнение в тот же день.
Через 56 лет Алихан Букейханов был реабилитирован. 14 мая 1989 года постановлением Верховного суда СССР Алихан Букейханов был оправдан связи с отсутствием состава преступления.
